にきび治療中は出来る限り肌への負担を軽くしたほうがいいのは言うまでもありません。
しかし、女性の場合は化粧をしないという選択は難しいでしょう。
医者に治療中の化粧は可能かを尋ねると「出来る限り控えてほしいが、薄化粧であれば問題なし」と
殆どの医者は言うのではないでしょうか。
問題は化粧よりも洗顔や化粧水のほうが、にきびには深刻なダメージを与えるので
そちらを止められるケースのほうが多いでしょう。

ただ、できればファンデーションは使わないほうがいいと思います。
ナチュラルメイクを心がけていれば問題ないでしょう、絶対にすっぴんじゃないとダメってことはないです。
病院でにきびの検査を受ける時は、化粧なしにしてください。
理由は、検査で皮膚の水分・油分の測定をする場合があるためです。

夜間にしっかりとにきび治療を行い、日中はそれなりの化粧をするというのが
現在の一般的なにきび治療になると思いますが、
化粧をせずに治療を優先するというのであればそれが肌にとっては最適です。
また、にきびの度合いにもよって化粧を許容できるかどうかも決まってきます。
炎症が酷くて広範囲に赤いにきびが出来ている場合などは、化粧はしないほうがいいでしょうし
そのあたりはケースバイケースになるので医者に判断してもらうべきです。
絶対に問題ないとも絶対に問題あるとも言えないのが、にきび治療中の化粧が難しいところですね。
さらに言うと、にきびの根本原因が体の内側にあるのか外側にあるのかでも、
化粧の可否は変わってきます。